台湾小鲵的繁殖方式是通过卵生进行的。繁殖活动主要集中在每年的11月至次年的1月，这是它们的繁殖季节。在这个时期，雌性小鲵会在流溪中产卵，每个产卵囊内平均含有14.5粒卵，卵的颜色呈浅黄白色，直径大约为4.3毫米。孵化过程大约需要3个月的时间，新生的幼体在孵化出来后，其头体长度为10.7毫米。

幼体出生后，体内还储存着丰富的卵黄，这是它们在变态前的主要营养来源。在这段时间内，幼体几乎不摄取外部食物，它们依赖卵黄中的营养维持生命。经过大约两个月的发育，幼体完成了变态过程，这时它们的头体长度平均已经增长到14.5毫米，标志着它们进入了新的生长阶段。